Je kunt de referenties in je library op verschillende manieren organiseren en er informatie aan toevoegen. Standaard zijn er in Mendeley de volgende labels:
Recently Read - Deze map toont de referenties die je in de afgelopen 30 dagen hebt geopend.
Favorites - Geef een referentie een 'ster' om hem aan deze map met 'Favorites' toe te voegen.
My Publications - Als je een Scopus Author Profile hebt, kun je in deze map de door jou geschreven publicaties die in Scopus aan jouw profiel zijn gekoppeld terugvinden.
Je kunt jouw opgeslagen referenties ordenen door ze in collections onder te brengen. Dit lijken mappen, maar zijn eigenlijk labels (vergelijkbaar met de labels van e-mails in Gmail).
Het toevoegen van een referentie aan een collection in je library verplaatst de referentie niet. Hij is nog steeds via 'All references' te vinden en nu eveneens in de gekozen collection. Het is mogelijk om een referentie onder meer dan één collection te rubriceren. Nadat je een collection hebt verwijderd, zullen de referenties uit deze collection nog steeds beschikbaar zijn bij 'All References'.
Om een nieuwe collection aan te maken, selecteer je de knop 'New Collection' in het linker navigatiepaneel en je geeft deze een naam.
Ook kun je onder elke collection sub-collections maken door op de drie verticale stipjes te klikken en te kiezen voor 'New Collection':
Je kunt de volgorde van de collections aanpassen door ze naar boven of naar onderen te slepen.
Om een referentie aan een collection toe te voegen, sleep je deze vanuit de library naar de collection in het linker navigatiepaneel.
Het is mogelijk om een zgn. group aan te maken om specifieke referenties met anderen te kunnen delen. Klik hiervoor in het linker navigatiepaneel onder Groups op 'New group' en geef deze een toepasselijke naam. Als je met je rechter muisknop op deze groepsnaam klikt, kun je via Manage Group anderen uitnodigen.
Ook de referenties die je in deze group plaatst kun je weer onderverdelen in collections.
Het is mogelijk om zelf trefwoorden toe te kennen aan gevonden referenties. Deze trefwoorden heten in Mendeley tags. Dit is een extra mogelijkheid om referenties makkelijk terug te vinden als je er veel hebt verzameld.
Als je klikt op een referentie, wordt rechts een paneel geopend met informatie over die referentie. Daar is een mogelijkheid om tags toe te voegen:
Deze tags kun je zelf kiezen, in een taal naar keuze.
Wil je alle referenties getoond krijgen die je een bepaalde tag hebt gegeven, ga dan in het linker navigatiepaneel naar 'All references' en klik rechts bovenaan op 
en daarna op Tags. Je ziet nu een lijst van alle tags die jij ooit hebt toegekend. Door op een tag te klikken, krijg je alle referenties met die tag te zien.
Als je niet naar 'All references' gaat maar naar een bepaalde collectie, toont de optie -> Tags alleen alle tags die je hebt toegekend aan references uit die betreffende collection.
Het pop-upschermpje met filters laat je weer uit beeld verdwijnen door nogmaals op te klikken.